Con fecha 04 de marzo de 1991 se crea el Instituto Superior Pedagógico Público “Javier Pérez de Cuellar” mediante Resolución Secretarial Regional Nº 034-91-RENOM-SRASS. Se le autoriza el funcionamiento con la oferta de la carrera de Educación Primaria con una plaza docente.
Su creación como centro de formación magisterial tuvo un problema de carácter legal debido a que según Ley los Institutos son creados por Decreto Supremo. Analizado tal situación y con la participación de los actores de la institución se gestionó la regularización del funcionamiento del instituto, es así como se logró que se emita el Decreto Supremo Nº 009-92-ED; con fecha 21 de febrero del año 1992, con el cual se crea el Instituto Superior Pedagógico Público “Rafael Hoyos Rubio” de la provincia de San Ignacio y se le autoriza el funcionamiento de la carrera de Educación Primaria.
Con fecha 16-10-92, la Dirección de Desarrollo Educativo de San Ignacio, mediante Resolución Directoral Nº 000623-92, nombra a siete docentes en condición de interinos, resolución que fue recibida el día 18 de octubre, en mérito del cual la administración del Instituto de aquel entonces determina como día central de aniversario, por cuanto la fecha de su creación no coincidía con las actividades académicas.
El Instituto inició su funcionamiento sin contar con local propio, siendo el Centro Educativo Nº 16462 “San Juan Bosco” quien cedió sus aulas al Instituto hasta el año 1993, a partir del cual fue la Institución Educativa N° 16462 “Eloy Soberón Flores” quién albergó al Instituto hasta fines del año 1997, a partir del cual el instituto se trasladó a su local propio ubicado en la calle El Maestro 637 de la ciudad de san Ignacio.
Cuenta la institución con aproximadamente dos hectáreas de terreno que fue gestionada y adquirido en la primera administración, cuyo Director fue el profesor Héctor Eleodoro Carrión Guerrero. Una hectárea fue donada por la Municipalidad Provincial de San Ignacio y la otra adquirida con recursos propios. Dicho docente tuvo la responsabilidad de conducir los destinos de la institución desde la creación hasta inicios del año 1997. A partir de dicha fecha asume la Dirección del Instituto el Licenciado Francisco Marcelo Chunque Salas, hasta finalizar el mes de febrero del año 1998.
A partir del primero de marzo del año 1998, asume la Dirección del Instituto Superior Pedagógico Público “Rafael Hoyos Rubio” el Profesor José Victoriano Chávez Sánchez, en condición de nombrado mediante Resolución de Dirección Regional Sectorial Nº 00811-98-RENOM/ED-JA.
Desde octubre del año 2011, hasta la actualidad, viene asumiendo el cargo de Director General del IESPP “Rafael Hoyos Rubio” el Dr. Francisco Marcelo Chunque Salas.
Con Resolución Directoral N° 0535-2013-ED., de fecha 22-11-2013, se autoriza al Instituto de Educación Superior Pedagógico Público “Rafael Hoyos Rubio” a ofertar la carrera de Educación Inicial a partir del año académico 2014.
Con Resolución Directoral N° 152-2016-MINEDU, EL Ministerio de Educación aprueba la revalidación de autorización de funcionamiento del IESPP “Rafael Hoyos Rubio” y de las carreras de Educación Inicial y Primaria por un periodo de 05 años.
Con resolución Directoral N° 00027-2021-MINEDU/VMGP-DIEDD-DIFOID, de fecha 19 de mayo del 2021, se aprueba la solicitud y revalida la autorización de funcionamiento institucional y de las carreras profesionales de Educación Inicial y Educación primaria del Instituto de Educación Superior Pedagógico Público “Rafael Hoyos Rubio” de la provincia de San Ignacio de la región Cajamarca.
Hasta la fecha esta Institución de Formación Docente tiene egresados en las carreras profesionales de Educación Primaria y Educación Inicial, estos profesionales vienen prestando sus servicios en la Instituciones Educativas, tanto rurales como urbanas, en la provincia de San Ignacio, la región y el país.
En la actualidad, la comunidad educativa viene trabajando para el licenciamiento institucional y de sus programas de estudios que viene ofertando el Instituto de Educación Superior Pedagógico Público “Rafael Hoyos Rubio”.
